Po pierwsze, tylko osoby fizyczne i osoby prowadzące jednoosobową działalność mają możliwość szybkiej rejestracji w e-TOLL. Muszą oni podawać mniej danych (tylko numer rejestracyjny pojazdu, numer urządzenia pokładowego, jeśli nie korzystają z aplikacji, oraz adres mailowy). Mogą one ponadto logować się do systemu za pomocą profilu zaufanego, aplikacji mObywatel lub bankowości internetowej, co znacznie usprawnia proces.

Natomiast, jeśli przedsiębiorca zatrudnia w swojej firmie transportowej przynajmniej jednego kierowcę, musi on już przejść dość skomplikowany proces rejestracji. Jeśli zdecydował się on dokonać rejestracji online, a nie w Miejscu Obsługi Klienta lub przez dostawcę kart flotowych, najpierw przejdzie długi i szczegółowy proces „inicjacji” na stronie https://www.etoll.gov.pl lub w zakładce „e-TOLL”   w aplikacji Urzędu Skarbowego na stronie https://www.podatki.gov.pl/e-urzad-skarbowy/, przy czym dane  firmy nie pobiorą się automatycznie, jeśli jest już ona zarejestrowana w Urzędzie. A danych trzeba podać sporo: NIP, dowód tożsamości wypis z CEIDG, szczegółowe dane teleadresowe, pełnomocnictwo. Na ten moment brakuje informacji, czy funkcjonalność automatycznego uzupełniania danych zostanie dodana w terminie późniejszym. Następnie trzeba dodać konto rozliczeniowe i doładować saldo, a później zarejestrować każdy z posiadanych pojazdów z podaniem numerów rejestracyjnych, 6-ciu ostatnich znaków numeru VIN, marki i modelu, kraju pochodzenia auta, klasy emisji spalin, dodać skan dowodu rejestracyjnego. Tutaj akurat jest ułatwienie: po podaniu znaków VIN dane auta oraz klasa emisji spalin będą automatycznie zaciągnięte z systemu CEPiK. Każdy jednak  załącznik jest wymagany, każde pole należy uzupełnić.

 I tu najczęściej występuje większość problemów technicznych: po każdej wprowadzonej informacji system przetwarza ją, zawieszając na chwilę stronę. Użytkownicy skarżą się w sieci, że strona może się czasem nie „odwiesić” i system nie przepuści dalej.  Ktoś może słusznie zaoponować, że jest to przecież tylko kwestia założenia konta, początki zawsze są trudne, problemy chwilowe, samo użytkowanie systemu z pewnością powinno być proste i intuicyjne. Podstawowym zagadnieniem, jeśli chodzi o łatwość użytkowania systemu, jest to że posiadający aplikację musi za każdym razem rozpoczynając trasę wprowadzać ją do systemu, następnie zaznaczać, że rozpoczął jej wykonywanie, a po ukończeniu trasy poinformować o tym system. Jeśli telefon się rozładuje albo straci zasięg satelitarny, system nie naliczy opłat prawidłowo, co może skutkować późniejszymi komplikacjami w postaci not obciążeniowych. Konieczność każdorazowego ręcznego wprowadzania danych trasy do systemu spowoduje, prawdopodobnie, że większość firm zdecyduje się na zakup urządzeń pokładowych, jak to było w przypadku viaTOLL. Takie urządzenia będą ich kosztowały ok 120 zł. Ale w tym przypadku użytkownicy są pozbawieni  możliwości elektronicznej wpłaty  oraz realizacji obowiązków przewoźników towarów wrażliwych w systemie SENT-GEO, które to możliwości daje aplikacja mobilna. Natomiast, bez względu na sposób podpięcia auta pod system, jesteśmy cały czas „na podglądzie” Administracji Państwowej dzięki geolokalizacji pojazdów. Nie wszystkim może się to podobać.